農糧產業溫室氣體排放源主要有來自農地的「水稻種植」、「作物殘體燃燒」及來自土壤施肥的「農業土壤」、「石灰處理」與「尿素施用」，其中又以土壤施肥的「農業土壤」占比最高。

        常見的慣行農業大多選擇成效快又佳的化學肥料進行施作，然而正因化學性肥料元素組成型態多樣，植物在吸收所需之元素後，遺留的成分在長期的累積下可能會改變土壤理化性質，甚至因灌溉排水作業混入養殖漁業、生活用水等進而造成水資源污染。所謂的「綠肥作物」係指凡可直接或間接作為肥料或改良土壤用之植物，其具增加土壤養分、有機質、改良土壤理化性質及減少土壤沖蝕之功能。綠肥具體功效如下說明：

        台糖甘蔗種植面積廣闊，為不可或缺的碳庫，砂糖事業部在甘蔗收穫後至種植期前，亦會種植田菁、太陽麻等豆類作物，而豆科的固氮作用特性更能減少後續氮肥的使用，有益於減少溫室氣體的產生，2022/2023年期綠肥種植面積共計444.28公頃(善化廠241.96公頃、虎尾廠202.32公頃)。

補充說明：

1. 綠肥作物種植之土地主要是利用甘蔗收穫後不再續留宿根之休閒期土地(4~6個月)種植，但因部份土地會釋出作為租賃地(供瓜農種瓜或其他短期作物)、蔗園除惡草耕區、供糖廠施放下腳料(濾泥、蔗渣、煙灰)及施用鹼性資材蚵殼粉改良酸性土壤，因此非每塊休閒地均會種植綠肥作物；除此之外，近年受氣候變遷之影響，春雨減少，看天田休閒地亦不適合種植綠肥作物。因應節能減碳之需求，未來砂糖事業部將適度規劃提高綠肥作物之種植面積，以達減施化學肥料及增加蔗園土壤有機質及土壤碳儲存。
2. 有關種植綠肥作物固碳的量化效益，依據農業改場實驗數據，以掩施太陽麻綠肥植體每公頃25,000公斤生草量，氮礦化率以80%估算，掩施太陽麻綠肥作物後，後作氮肥施肥管理，可較未掩施綠肥之土壤減少1/3~1/2肥料用量，另根據國外文獻資料，將豆科綠肥與玉米輪作12年，平均每年每公頃可以固定1.3噸的碳到土壤中。初估444.28公頃之綠肥作物與甘蔗輪作後將可固定577.54噸的碳到蔗園土壤中，但實際數據則需透過實驗盤點往年種植綠肥之耕地，才能得到客觀之量化數據，因此砂糖事業部與台糖研究所研提計畫案委由學界建立土壤碳匯之方法學與效益。

        有機農法是對環境友善永續的農業生產模式，台糖公司自2000年開始，嚴選優質農場為有機水稻栽培基地，除積極開發自有有機作物栽培區，並持續進行經濟作物之試種及量產。2022年自營有機水稻驗證面積88.79公頃(兼作種植其他有機作物)，主要市場為供應學校與團膳、便利商店及連鎖通路。近年為協助政府推動新農業政策推廣有機耕作，於2020年起釋出部分自營有機園區及有機耕區出租，截至2022年12月底止，本公司提供政府出租土地設置有機農業專區272公頃(12案)。

        隨國內有機農業及友善環境耕作面積逐年快速成長，2020年已達農委會訂定1萬5,000公頃目標，考量推廣有機農業面積政策已達階段性目標，且國營事業經營有機農業不利與市場競爭，於2022年6月及9月釋出斗六、善化及官田等3處自營有機園區之土地及設備(共12.99公頃)予青農進駐，以合作生產模式扶植青農，由青農專責生產農產品，交由台糖公司銷售。

        經試辦1年後評估以租賃方式，提供有機農地、溫網室設施、包裝室及冷藏設備等由專業農民或農企業團體承租，讓有心從事有機農業之農民或有意擴大有機農業生產規模之承租人可快速投入有機蔬果生產，台糖公司則以租賃模式配合政府推動之新農業政策，續扶植有機農業之推廣與耕作。

        2022年於雲林縣虎尾鎮馬光農場197.3公頃土地建置一有機糧倉，概分為92.9公頃露天耕區，42.9公頃設施栽培區，其餘為公共設施，帶動地方有機農業並吸引青農返鄉，繁榮活化農村再生，並函請虎尾科技大學合作，成為國內最大有機雜糧生產專區。