本所編制設所長室、生物組、工程組、化學組、減碳暨產業資訊組、檢測中心、總務課、人事、會計及政風等部門。主要部門簡介如下
(一)生物組:任務為配合公司農業經營處、各事業部及區處進行農業生產技術開發與改善,並提供技術服務。研究方向包括機能性作物品種篩選與種苗培育、作物優良農業栽培規範(Good Agricultural Practice, GAP)建立、環境友善耕作技術建立、農業廢棄物資源再利用技術開發及智慧農業生產技術開發與應用等。主要技術領域包括作物品種選育、組織培養技術平台、植物病蟲害整合防治、土壤及營養管理、有機質肥料及微生物肥料開發等。藉由垂直及平行整合上述農業相關技術,建立最適化商業生產模式,並經由示範推廣應用於有機產業或健康安全農業生產。
(二)工程組:以開發量產製造程序為主要任務,並提供台糖公司事業部技術服務。工程組除承接化學組研發成果將其量化生產,並針對公司畜殖場改建後豬糞廢水厭氧醱酵生產甲烷及後段沼液做系統性優化處理,本組設置台糖公司菌種庫,保存公司具商業價值化之微生物菌種,並開發出多項產品,如人用、畜用益生菌、蘭姆酒、工業微生物酵素等。工程組試驗中間工廠(pilot plant)提供醱酵製程與分離純化製程放大所需之硬體設備,目前設備包括6000公升體積之微生物生物反應器兩座,100-700公升生物反應器4座,周邊分離純化及乾燥設備等。
(三)化學組:任務除開發檢測技術、具功能性植物萃取物、開發重組蛋白生產製程,並研發實驗室新製程,並於中間實驗室開發量產製程。另針對畜殖事業部研究任務,主要為開發豬隻疾病防治、精準營養、防疫技術等領域,以降低飼養成本及提升豬隻的育成率,以增加產業的競爭力,冀望能成為台灣養豬產業的領頭羊。
(四)減碳暨產業資訊組:任務為協助公司研究開發所需資源提供、智慧財產管理及應用,包括產業資訊蒐集/分析、專利檢索/分析,以及知識管理系統的建置和維護。本所自民國98年即已通過經濟部「台灣智慧財產管理系統」(TIPS)驗證,為經濟部國營事業機構第一家通過TIP 驗證單位,且每年都申請驗證並通過。此外,配合國家2050淨零排放路徑及政府能源政策,推動溫室氣體淨零排放路徑藍圖的規劃和執行業務,並進行碳盤查,制訂降低排放量之方案;另推動再生能源和生質能的開發,將生質廢棄物轉變成可再利用資源,以達成資源循環再利用和循環經濟成效。
(五)檢測中心:台糖公司研究所檢測中心於民國80年即取得環境部(原環保署)認證並接受定期展延稽核,至今仍是環境部認證的檢測實驗室。此認證是對實驗室專業能力的肯定,更是品質和信譽的保證。
檢測中心主要的業務與功能如下:
1.執行土壤檢測,防止公司收回受汙染租地而承受巨額整治費用。
2.定期採樣與檢測公司各事業體排放廢水,降低受環保局裁罰機率。
3.配合相關單位檢測沼液澆灌地土壤,避免沼液內銅鋅汙染農地。
4.定期檢測公司製冰廠冰品,維護公司商譽。
5.藉由定期採檢全公司各單位飲用水,保障同仁飲水安全。
6.協助地方政府部門(如農業局、國有財產局、觀光局)與國防部(軍營)有關土壤與排放水檢測,除建立公司與其他公部門的橫向連結,更是支持政府機構運作的體現。
7.接受民眾有關土壤,肥料與水質檢測委託案,建立公司為民服務形象。
(六)總務課:為本所行政團隊之組合,具備文書、採購、出納、公關、資產、物料、消防、建築物管理、所區安全防護、環境清潔、水電修理及庭園景觀維護等多項業務,除遵循公司政策執行一般行政業務外,並全力支援與配合本所研究發展過程中所需之外圍輔助相關工作。