藻菌共生系統可進行高效率光合作用固定二氧化碳，其生長快速、環境耐受力強且可廣泛生存於各類水體環境中；畜殖場原廢水中含有大量氮、磷等營養源，具備再利用之潛力。

台糖公司應用本土篩選與馴化之藻菌共生系統處理畜殖廢水，可有效降低化學需氧量(COD 300-1,200 mg/L)與氨氮(800 mg/L-900 mg/L)。化學需氧量降解率為11%-48%，氨氮降解率為37%-48%，換算固碳量為0.15 g/L/d，顯示藻菌共生可從廢水中獲得營養源與固定二氧化碳，為循環利用廢水與固碳之潛力技術。