台糖公司全台蔗田約1萬公頃，主要分布在雲林以南、嘉南平原，自2020年起，台糖與農糧署共同輔導轄下蔗農導入產銷履歷標章（TAP），最終約7千多公頃通過驗證，為我國產銷履歷大面積驗證之重要成功案例，並促成我國首批產銷履歷甘蔗糖上市，建立農產品安全供應體系。

在農糧署的支持下，台糖公司再於2022年起與屏東科技大學鳥類生態研究室合作，利用猛禽喜歡站在制高點的習性，在蔗園豎立棲架讓猛禽停棲，並搭配自動相機，監測猛禽防治鼠害的有效性及蔗園生態的樣貎，計劃期間記錄到至少38種鳥類（含瀕臨絕種的一級保育類東方草鴞等9種猛禽，及11種保育鳥類）、11種哺乳類，還有3種蛇類參與蔗田治鼠的一環。

此外，台糖早在1956年就有大面積運用「赤眼卵寄生蜂」防治蔗田螟蟲的研究，並將此生物防治方法廣泛應用於蔗田及玉米田等；惟因寄生蜂片之施用需由人工釘放，作業耗時且人力成本日益高昂，台糖自2024年起於自有蔗田農場執行２年期「無人機釋放寄生蜂之防治效益評估」研究計畫，期能降低甘蔗螟害危害率，並解決人力不足，以及種植後期不易平均釋放之問題。