104年1月1日撤銷行政中心。
103年8月1日雲林區處與嘉義區處整併為雲嘉區處。
98年4月1日土地開發課新增規劃股同時撤銷土石股。
97年12月1日有機作物股提升為有機作物課。
96年10月1日起公司人事處修正為人力資源處,人事課配合修正為人力資源課。
96年4月1日組織調整;農場股下設崁腳農場、椬梧農場。另增設有機作物股下設有機肥場、有機園場。
94年10月1日起調整為直屬公司二級單位,改稱雲林區處,並納併農場經營中心所屬堆肥場、崁腳農場、椬梧農場暨土地開發中心所屬雲嘉區處業務及人員,並將部門整合為總務課、人事課、政風課、會計課、虎尾資產課、北港資產課、土地開發課、農場股、待運用人力小組。
93年元月1日起成立資產管理中心,下設8個區營運處,雲林區營運處所在地位於虎尾糖廠,轄區包含北港糖廠,下設總務課、人事課、政風課、會計課、土地課、資產管理課、土地巡查一隊、土地巡查二隊、北港資產課、待運用人力小組,93年9月30日完成轄區所有業務承辦工作。