本所編制設所長室、農業技術組、製程技術組、應用生化組、科技管理與資訊組、糖業典藏研究應用組、總務課、人力資源、會計及政風等部門。主要部門簡介如下

（一）農業技術組：任務為配合公司農業經營處、各事業部及區處進行農業生產技術開發與改善，並提供技術服務。研究方向包括機能性作物品種篩選與種苗培育、作物優良農業栽培規範(Good Agricultural Practice, GAP)建立、環境友善耕作技術建立、農業廢棄物資源再利用技術開發及智慧農業生產技術開發與應用等。主要技術領域包括作物品種選育、組織培養技術平台、植物病蟲害整合防治、土壤及營養管理、有機質肥料及微生物肥料開發等。藉由垂直及平行整合上述農業相關技術，建立最適化商業生產模式，並經由示範推廣應用於有機產業或健康安全農業生產。

（二）製程技術組：以開發量產製造程序為主要任務，並提供台糖公司事業部技術服務。製程技術組除承接應用生化組研發成果將其量化生產，並針對公司畜殖場改建後豬糞廢水厭氧醱酵生產甲烷及後段沼液做系統性優化處理，本組設置台糖公司菌種庫，保存公司具商業價值化之微生物菌種，並開發出多項產品，如人用、畜用益生菌、蘭姆酒、工業微生物酵素等。工程組試驗中間工廠（pilot plant）提供醱酵製程與分離純化製程放大所需之硬體設備，目前設備包括6000公升體積之微生物生物反應器兩座，100-700公升生物反應器4座，周邊分離純化及乾燥設備等。

（三）應用生化組：任務除開發檢測技術、具功能性植物萃取物、開發重組蛋白生產製程，並研發實驗室新製程，並於中間實驗室開發量產製程。另針對畜殖事業部研究任務，主要為開發豬隻疾病防治、精準營養、防疫技術等領域，以降低飼養成本及提升豬隻的育成率，以增加產業的競爭力，冀望能成為台灣養豬產業的領頭羊。

（四）科技管理與資訊組：任務為協助公司研究開發所需資源提供、智慧財產管理及應用，包括產業資訊蒐集/分析、專利檢索/分析，以及知識管理系統的建置和維護。本所自民國98年即已通過經濟部「台灣智慧財產管理系統」(TIPS)驗證，為經濟部國營事業機構第一家通過TIPS驗證單位，且每年都申請驗證並通過。此外，配合國家2050淨零排放路徑及政府能源政策，推動溫室氣體淨零排放路徑藍圖的規劃和執行業務，並進行碳盤查，制訂降低排放量之方案；另推動再生能源和生質能的開發，將生質廢棄物轉變成可再利用資源，以達成資源循環再利用和循環經濟成效。

（五）總務課：為本所行政團隊之組合，具備文書、採購、出納、公關、資產、物料、消防、建築物管理、所區安全防護、環境清潔、水電修理及庭園景觀維護等多項業務，除遵循公司政策執行一般行政業務外，並全力支援與配合本所研究發展過程中所需之外圍輔助相關工作。