1903年 臺灣總督府於臺南廳大目降(現臺南市新化區)設立「甘蔗試作場」，後更名為「糖業試驗場」。
1932年 合併各研究單位成立「台灣糖業試驗所」，並由大目降遷至竹篙厝(臺南市現址)，於日治時期直屬臺灣總督府。
1945年 臺灣光復，糖業試驗所由臺灣行政長官公署接收，改組為「台灣省糖業試驗所」。
1948年 奉臺灣省政府令本所改隸台灣糖業公司，名稱改為「台灣糖業試驗所」。
1973年 更名為「台灣糖業研究所」，為教育部認可之學術研究單位。
1999年7月 台灣糖業研究所與台糖畜產研究所合併為「台糖公司研究所」。
2002年3月 台糖研究所舉辦活動歡慶「臺灣糖業研究100年」。
2004年12月 組織精簡，成立以生物科技、藥用植物研發為導向之研究單位。

　臺灣甘蔗研究最早始於1903年在臺南廳大目降甘蔗試作場，1945年臺灣光復後，改組為「台灣省糖業試驗所」，盧守耕博士為第一任所長，1973年更名為「台灣糖業研究所」，1999年組織合併精簡後更名為「台糖公司研究所」，2002年台糖研究所歡度「臺灣糖業研究100年」慶，歷任所長如下表。