研究發展是企業永續經營的命脈，台糖公司因應產業變化和公司策略規劃，設置有研發專責部門，強化公司競爭態勢。研發核心技術領域包括：生質能產業、綠色農業與化學品、微生物醱酵、中草藥、重組蛋白生產及檢測與功效等面向。