根據世界資源研究所的「渡槽水風險地圖集」，顯示臺灣全區皆為Low - Medium (1-2)，且本公司各營運據點並未設置於國家級或國際級保護區域，取水來源皆向政府申請授權合法使用，對水源並未有顯著之影響。2025年取水量為7,320.2百萬公升，較2024年(7,915.25百萬公升)減量8.65%，用水強度亦年減28.57 8%，主要是因本公司花東區處大富農場出租致取水量減少。

台糖致力於用水管理及廢水回收提升，妥善運用水資源，以減少廢水排放並提高節約用水之成效。2025年耗水量為5,523.03百萬公升。

台糖公司產生廢(污)之水事業單位均設有相關廢水處理程序及取得水污染防治許可文件，並依規定期程委由合格檢測機構採樣分析，於環境部指定網站線上辦理定檢申報；所排放之廢(污)水水質皆符合法令規定各業別放流水標準，且均合法排放至污水下水道系統或核准之水體，最終排放至海水，未重大影響水源。2025 年廢水排放量1,707.17百萬公升較2024年減少14.77%，主要係畜殖事業部萬興、虎尾等畜殖場在養豬頭數減少及南沙崙畜殖場啟用新畜舍、雨污分排等使排放水量減少所致。

為了改善養豬業務營運效率，並降低對當地社區的環境衝擊，台糖持續執行「農業循環豬場改建投資計畫」，配合除臭系統及污水處理系統，將傳統豬舍改建為現代化畜殖場，畜殖事業部2025年已執行豬場場內自有廢（污）水回收再利用，11場（萬興、虎尾、斗六、南靖、海埔、善化、南沙崙、四林二、大響一、大響二場及東海豐農業循環園區)回收再利用量共計397,389公噸。

台糖公司共有16座畜殖場，皆採用二級廢水處理系統，均依水污法規定每半年委由合格檢測機構採樣分析(廢水排放標準：生化需氧量（BOD）80mg/L、化學需氧量（COD）600mg/L、懸浮固體（SS）150mg/L)，並於環境部指定網站線上填列畜牧業廢(污)水檢測申報表，採網路傳輸方式辦理定檢申報。台糖期待未來畜殖場改建完成後，為臺灣畜殖產業帶來轉型契機，使其能兼顧生產及環境永續，給予周遭居民視野清新、公園綠化、空氣無味、降低居民生活與心理層面不滿的新五感體驗。

為遵循環保法令規範，本公司制訂環境管理作業要點規範空氣污染防制相關事宜，並納入ISO 14001環境管理標準，建立操作、檢測及緊急應變措施，以確保符合空氣污染防制相關法令。空氣污染防制先由製程合理化減少污染物進入廢氣之中，再經由空污防制設備處理廢排氣中的污染物。目前本公司較具規模（污染物之粒狀污染物達10公噸/年或硫氧化物達10公噸/年或氮氧化物達5公噸/年或揮發性有機物達5公噸/年）固定污染源為砂糖事業部轄管3處糖廠，其餘較不具規模(包含有生技事業部2處、油品事業部73處、畜殖事業部19處、研究所1處、台南及雲嘉區處各1處)，各單位空污排放均依排放標準管制並定期申報，本公司環保處亦不定期辦理現場查核。

歷年實際檢測結果，空氣污染物排放濃度亦均符合環境部所規定之排放標準。2025年NOx及SOx排放強度分別較2024年增加3.45%及66.67%，主要係砂糖事業部虎尾糖廠甘蔗量、處理量增加及善化糖廠處理量增加，造成SOx及NOx排放量增加。空氣污染防制情形如下所示，排放濃度均符合法規標準。