有機農法是對環境友善永續的農業生產模式，台糖公司自2000年開始，嚴選優質農場為有機水稻栽培基地，除積極開發自有有機作物栽培區，並持續進行經濟作物之試種及量產。2024年自營有機水稻驗證面積87.85公頃(兼作種植其他有機作物)，主要市場為供應學校與團膳、便利商店及連鎖通路。另配合政府推動新農業政策推廣有機耕作，截至2024年12月底止，本公司提供各縣市政府出租土地設置有機農業專區共14案，合計面積總計334.57公頃；另以租賃方式續扶植有機農業之推廣與耕作，提供有機農地、溫網室設施、包裝室及冷藏設備等由專業農民或農企業團體承租，截至2024年12底止，出租面積計1,025.15公頃，共192案。

　　目前我國農業主流仍是採用慣行農法，為降低慣行農業使用化肥、農藥對土壤與水資源造成之負面衝擊，本公司砂糖事業部攜手台糖研究所，針對綠肥作物固碳效益、生物性病蟲害防治兩方面進行研究測試，持續改良驗證，期能找出易執行且具經濟效益之循環模式，促進農業永續發展。

　　農糧產業溫室氣體排放源主要有來自農地的「水稻種植」、「作物殘體燃燒」及來自土壤施肥的「農業土壤」、「石灰處理」與「尿素施用」，其中又以土壤施肥的「農業土壤」占比最高。根據國外文獻資料，將豆科綠肥與玉米輪作12年，平均每年每公頃可以固定1.3公噸的碳到土壤中，且綠肥可直接或間接作為肥料，同時具增加土壤養分、有機質、改良土壤理化性質及減少土壤沖蝕之功能，經改善地力與生態條件，甚至可讓原本不適耕作土地種植具生質能潛力之作物。

　　台糖自有甘蔗種植面積廣闊，為不可或缺的碳庫，砂糖事業部在甘蔗收穫後至種植期前，亦會種植田菁、太陽麻等豆類作物，依據農業改良場實驗數據，以每公頃掩施太陽麻綠肥植體25,000公斤生草量，氮礦化率80%估算，可減少後續種植時的1/3~1/2氮肥使用量，進而降低溫室氣體的產生。

　　本公司因部份土地會釋出作為租賃地（供瓜農種瓜或其他短期作物）、蔗園除惡草耕區、供糖廠施放下腳料（濾泥、蔗渣、煙灰）及施用鹼性資材蚵殼粉改良酸性土壤，故並非休閒地均會種植綠肥作物，統計2022/2023年期綠肥種植面積共計444.28公頃(善化廠241.96公頃、虎尾廠202.32公頃)，初估可固定577.54公噸的碳到蔗園土壤中，但實際數據則需透過實驗盤點往年種植綠肥之耕地，才能得到客觀之量化數據，因此砂糖事業部與台糖研究所研提計畫案，於2023~2024年與清華大學合作，擇定4個農場分別以濾泥、蔗渣、綠肥及豬糞堆肥等4種有機資材為試驗基底，每個農場另分別添加100%化肥（慣行農法）及50%化肥作為對照，耕種1年半後評估對土壤內有機質量的影響。試驗結果顯示，以添加濾泥對增加土壤有機碳含量成效最為顯著，粗估經過一整個春植甘蔗的循環，在表、底土每公頃分別可以得到0.6公噸及1.2公噸的土壤有機碳增加量（平均每公頃得到0.9公噸）；次為蔗渣。

　　另外，分析製糖副產煙灰之成份，結果顯示煙灰總碳含量約5.5% ，極具有增加土壤碳匯之潛力，經換算，若每公頃施用365公噸的煙灰約可增加表土(20 cm)約1%的土壤有機碳量。