根據世界資源研究所的「渡槽水風險地圖集」，顯示臺灣全區皆為Low - Medium (1-2)，且本公司各營運據點並未設置於國家級或國際級保護區域，取水來源皆向政府申請授權合法使用，對水源並未有顯著之影響。2024年取水量為7,915.25百萬公升，較2023年(10,431.54百萬公升)減量24.12%，用水強度亦年減28.57%，主要是因該年度雲嘉南及高屏地區降雨量增加5,647.5mm，進而減少取用農業灌溉用水所致。

　　台糖致力於用水管理及廢水回收提升，妥善運用水資源，以減少廢水排放並提高節約用水之成效。2024年耗水量為5,919.30百萬公升，整體廢水再生利用回收率達79%以上。

　　台糖公司產生廢 (污) 之水事業單位均設有相關廢水處理程序及取得水污染防治許可文件，並依規定期程委由合格檢測機構採樣分析，於環境部指定網站線上辦理定檢申報；所排放之廢 (污) 水水質皆符合法令規定各業別放流水標準，且均合法排放至污水下水道系統或核准之水體，最終排放至海水，未重大影響水源。2024年廢水排放量1,995.95百萬公升較2023年增加9.13%，主要係畜殖事業部萬興、斗六繁及南沙崙等畜殖場在養頭數增加所致。

　　為了改善養豬業務營運效率，並降低對當地社區的環境衝擊，台糖持續執行「農業循環豬場改建投資計畫」，配合除臭系統及污水處理系統，將傳統豬舍改建為現代化畜殖場，畜殖事業部2024年已執行豬場場內自有廢(污)水回收再利用，14場 (萬興、虎尾、斗六、岸內、南靖、鹿草、海埔、善化、南沙崙、新厝、四林二、大響一場、大響二場及東海豐)   回收再利用量共計535,878公噸。

　　台糖公司共有17座畜殖場，皆採用二級廢水處理系統，均依水污法規定每半年委由合格檢測機構採樣分析(廢水排放標準：生化需氧量   (BOD)  80mg/L、化學需氧量  (COD)  600mg/L、懸浮固體  (SS) 150mg/L)，並於環境部指定網站線上填列畜牧業廢(污)水檢測申報表，採網路傳輸方式辦理定檢申報。台糖期待未來畜殖場改建完成後，為臺灣畜殖產業帶來轉型契機，使其能兼顧生產及環境永續，給予周遭居民視野清新、公園綠化、空氣無味、降低居民生活與心理層面不滿的新五感體驗。

　　為遵循環保法令規範，本公司制訂環境管理作業要點規範空氣污染防制相關事宜，並納入ISO 14001環境管理標準，建立操作、檢測及緊急應變措施，以確保符合空氣污染防制相關法令。空氣污染防制先由製程合理化減少污染物進入廢氣之中，再經由空污防制設備處理廢排氣中的污染物。目前本公司較具規模 (污染物之粒狀污染物達10公噸/年或硫氧化物達10公噸/年或氮氧化物達5公噸/年或揮發性有機物達5公噸/年) 固定污染源為砂糖事業部轄管3處糖廠，其餘較不具規模(包含有生技事業部2處、油品事業部73處、畜殖事業部19處、研究所1處、台南及雲嘉區處各1處)，各單位空污排放均依排放標準管制並定期申報，本公司環保處亦不定期辦理現場查核。

　　歷年實際檢測結果，空氣污染物排放濃度亦均符合環境部所規定之排放標準。2024年NOx及SOx排放強度分別較2023年降低14.71%及25.00%，主要係砂糖事業部虎尾糖廠及善化糖廠逐步汰換鍋爐爐管改善熱傳導效率，提升鍋爐效率，間接降低SOx及NOx排放量。空氣污染防制情形如下所示，排放濃度均符合法規標準。